matzさんの意見を読んで、思わず考えてしまったのは 「なんでmatzさんが、政策決定をするわけでもないのに、 権利者側との妥協を熱心に考えるのだろう？」ってことなんですけど... 実はmatzさんは特許でがっぽり儲けているとか？（笑）
それはさておき、ちと「権利者 vs. 非権利者」という構図で考え過ぎている気がします。 個別の特許毎に考えればそうなりますが、 一般的には、それぞれの個人や法人は権利者であると同時に非権利者です。 つまり、自分も（0以上の）特許を保持し、 他人の（0以上の）特許を利用している、いう状況になります。 ですから、必ずしも特許を保有している企業が、 特許権で得られる独占力が減少したからといって、 被害を受けるとは限りません。 金を取るより、払っている方が多いかもしれないからです。
私は特許から得られる権利は弱くなって結構だと思ってますが、 必ずしも特許保有企業が全部反対にまわるとも思えません。 実際、ソフトウェア特許反対がEUの多くの中小企業の立場ですし、 一部の大企業でさえ、そうです。 日本でも、 「権利を強めれば良いというものではない」ということをちゃんと説明できれば、 反対側（権利を弱くするべきという考え方）に賛同する企業が現れるでしょう。
公示(or 秘密の開示)される前に同様の発明を行ったことが証明できれば、 その人に対しては独占権を行使できない
については、 訴えられた側が証明しなければならないようなやり方は、 「持たざる者」の負担が十分に軽くならないので、 同意しかねます。
結局一番簡単に効果がありそうなのは、 特許件数を減らすことではないでしょうか。 つまり、特許の有効期間を三年とかしちゃって、 データベース中のエントリー数を大幅に減らしてしまう、と。
すごく良い分類方式や検索方式があっても、 エントリー数が多くなると、 望みのものを見つける精度は確実に悪化するわけで、 コスト削減にはこれが一番だと思います。 モノを全く作らず、新しい発明も行なわず、 昔取った特許だけで牛耳っているような企業も排斥できるし、 一石二鳥なんだけどねえ。 法改正を伴うのが厄介なわけですが。
運用だけで対処するとしたら、 特許審査をもっと厳しくするとか、 特許庁が自主的に特許の再審査をして無効でないことを確認するとか、 そんなぐらいしか減らす方法はないでしょうね。 現在の人員不足を考えるに、全くありそうにもない話ですね、 とほほ。